Im Sommer 1519 forderte der Kath. Theologe Eck Martin Luther und Karlstadt zu einer öffentlichen Disputation in Leipzig heraus. Es ging um die entscheidende Frage, ob die Autorität des Papstes auf göttlichem oder menschlichem Recht beruht. Luther erklärte schließlich seinen Widerspruch gegen die Vormachtstellung des Papstes und stellte sich auch gegen die Autoritäten der Konzilien, da diese ja auch irren könnten. Damit hatte Eck sein Ziel erreicht und konnte Martin Luther der Ketzerei bezichtigen.
Die Disputation dauerte vom 27.06.1519 bis zum 15.07.1519 in Leipzig Pleißenburg. Es gab drei Disputationsrunden. Zweimal hatte der Ingolstädter Eck sich Andreas Bodenstein (genannt Karlstadt) vorgenommen und einmal Martin Luther.
Eck griff noch einmal auf die Ergebnisse des Konstanzer Konzil zurück, auf dem der Vorreformator Jan Hus aus Böhmen hingerichtet worden war. Martin Luther zeigte Sympathien dem Hus und seinem Werk gegenüber und bezeugte Jan Hus als Reformator.
Am 2. Mai 1520 informierte Eck den Papst über den Stand der weiteren Beratungen innerhalb der kath. Kirche. Die Bulle Exsurge Domine wurde am 24.07.1520 durch einen Anschlag an der Peterskirche, sowie der päpstlichen Kanzlei auf dem Campo de´Fiori veröffentlicht. Eck war päpstlicher Nuntius und übernahm somit die Aufgabe, dass die Bulle in den sächsischen Bistümern, Kursachsen und Oberdeutschland bekannt gemacht wurde.
Der Schweitzer Reformator Zwingli betrachtete die Leipziger Disputation als Beginn der Reformation.
Eck ging als kirchlicher Sieger der Disputation vom Platz. Aber Luther und Karlstadt waren die moralischen und humanistischen Sieger in diesem Streitgespräch. Leider trennten sich die Wege Luthers und Karlstadts in der Folge der Reformation. Es gab unterschiedliche Standpunkte, wozu auch die Kindertaufe gehörte, an der Luther noch festhielt.